OTRO INSTITUTO ESTATAL CON EQUIPAMIENTO PARA ESTUDIOS GENÓMICOS A GRAN ESCALA

El equipamiento adquirido por el Ministerio de Salud es único en la región y permitirá identificar «en tiempo real» variantes del virus, analizar si hay mayor o menor transmisibilidad o severidad y la respuesta de las vacunas. El Malbrán viene de detectar la cepa Río de Janeiro.

El Instituto Anlis-Malbrán incorporó un nuevo equipamiento para hacer estudios genómicos a gran escala del SARS-CoV-2, que es único en la región y que permitirá identificar «en tiempo real» variantes del virus y analizar si hay mayor o menor transmisibilidad o severidad y la respuesta de las vacunas.

El equipamiento adquirido por el Ministerio de Salud para el Anlis-Malbrán se llama CovidSeq -producido por la empresa Illumina- e incluye una plataforma robótica, un equipo de secuenciación de nueva generación con alta capacidad de generación de secuencias y una infraestructura informática para estudios de epidemiología genómica, metagenómica e inteligencia artificial a gran escala.

«Necesitábamos un equipamiento que permitiese generar un gran número de secuencias en un tiempo corto porque si tardás mucho en obtener el reporte, la información pierde valor. Este nuevo equipo va a permitir trabajar en tiempo real. Ocurre la infección en el individuo y nosotros podemos inmediatamente saber la secuenciación», dijo a Télam Claudia Perandones, directora científico técnica del Instituto.

«Tenemos en el Anlis dos equipos de secuenciación, pero con ellos podemos hacer alrededor de 400 genomas por semana. El CovidSeq nos va a permitir secuenciar a una gran escala porque te permite hacer hasta 3.000 genomas en 24 horas», precisó.

La secuenciación del genoma fue lo que se utilizó para encontrar en Argentina una cepa con la variante de Río de Janeiro (Brasil), que informó el Malbrán.

Necesitábamos un equipamiento que permitiese generar un gran número de secuencias en un tiempo corto porque si tardás mucho en obtener el reporte, la información pierde valor

«Lo que encontramos hoy confirma que para identificar las variantes del SARS-CoV 2 se necesita una secuenciación genómica completa. La variante de Río de Janeiro encontrada tiene sólo una mutación que afecta la espícula viral y las demás, las otras cinco, corresponden a otras regiones del genoma del virus», explicó Perandones.

«Lo que plantea este virus como desafío es que solamente teniendo la secuenciación en tiempo real del mayor número de individuos, se va a poder saber si tenemos o no introducciones del exterior o si emergen variantes nuevas propias de nuestro país, a las cuales hay que atender también ya que pueden tener cambios que pueden condicionar una mayor o menor transmisibilidad, severidad o respuesta vacunal», remarcó.

Según explicaron desde el Anlis-Malbrán, la secuenciación genómica durante la pandemia de la Covid-19 permitió determinar rápidamente el origen del virus de su reservorio zoonótico (Pangolín), determinar la dinámica global de dispersión del virus y la rápida identificación de las mutaciones responsables de la segunda ola posterior al verano en Europa, donde la «Nueva Variante del Reino Unido Linaje B.1.1.7.» presenta un incremento de un 70 % en la transmisibilidad de la infección y ya se ha identificado en tres Estados de Estados Unidos y en 33 países.

«La secuenciación genómica es la única que te permite saber si la vacuna que vas a aplicar va a tener o no efectividad con la cepa que está circulando», explicó Perandones, ya que varias de las fórmulas vacunales se sustentan en estrategias de vectores de Adenovirus.

La plataforma CovidSeq es la única aprobada por Food and Drug Administration (FDA) de Estados Unidos para su uso diagnóstico por genómica para coronavirus y ya está siendo utilizado por laboratorios de referencia en ese país y en el mundo con esta finalidad.

«En nuestra región somos los únicos con esta plataforma. México está trabajando para adquirirla pero todavía no lo tiene. En el mundo, plataformas CovidSeq tiene Inglaterra, por eso va a la vanguardia de la identificación de variantes. Nosotros estamos muy en contacto con ellos», aseguró Perandones.

En referencia a la nueva cepa, la coordinadora de la Plataforma de Genómica y Bioinformática del Anlis-Malbrán,Josefina Campos, había confirmado ayer que «de los últimos genomas que secuenciamos entre noviembre y diciembre encontramos uno en el que pudimos identificar las seis mutaciones correspondientes a la variante de Río de Janeiro. En esa línea, agregó: «También pudimos identificar la relación clonal, eso significa que tiene el mismo origen que la variante de Río de Janeiro». Campos señalo que «esta variante también se encontró en Inglaterra y en Canadá».