“DESARROLLAMOS UN SOFTWARE PARA TRATAR ENFERMEDADES INFECCIOSAS”

Servirá para atacar enfermedades como Chagas, malaria y lepra. En Desde el Conocimiento por Radio 10, Luciana Rubinska y Jaime Perczyk hablaron con este investigador del Conicet y jefe del Laboratorio de Genómica y Bioinformática del Instituto de Investigaciones Biotecnológicas «Rodolfo Ugalde» (IIBIO), que depende de la Universidad de San Martín.

¿De qué se trata este software?

Estamos hace muchos años trabajando en el desarrollo de este software, es una base de datos muy grande que trata de recolectar información para desarrollar nuevos tratamientos. Uno de los tratamientos es encontrar nuevas drogas para tratar enfermedades infecciosas. A partir de la revolución genómica, se empezaron a conocer la genética de muchos patógenos que causan enfermedades humanas infecciosas y a partir del estudio de los genomas se puede hacer el ejercicio computarizado de priorizar cuáles son los puntos de ataque más rendidores de una estrategia desde el punto de vista para que el parásito deje de crecer o matarlo. Por eso, una de las estrategias del software es analizar los genomas de los patógenos.

Contanos un caso puntual de este procesamiento…

Es tomar un genoma completo de un patógeno, con todos los genes que están codificados ahí adentro y empezar a mapearlos, sus vías metabólicas, que vías metabólicas están funcionando dentro de las bacterias y para qué le sirve al patógeno, qué pasa con el patógeno si bloqueamos esa vía metabólica. Los parásitos del patógeno necesitan señalizar dentro de la célula hacia adentro qué cosa está pasando en el exterior cuando se infecta. Hay un montón de mecanismos de segregación que le indica cuándo tiene que duplicar su ADN, producir más proteínas, todas esas cosas se pueden interferir y si uno interfiere con esos mecanismos el patógeno no se puede replicar. Esos son los que llamamos puntos de ataque y -analizando todo el genoma- uno puede darse cuenta cuáles son los blancos de ataque. Hay muchas funciones metabólicas que están compartidas con nosotros, así que si atacamos esos lugares nos hacemos daño a nosotros mismos, si son metabolismos compartidos entre alguna bacteria y una célula de nuestro cuerpo podemos interferir con nuestros propios procesos metabólicos, entonces tratamos de diferenciar cuáles son metabolismos específicos o únicos del parásito, etc.

¿Es un software con carga de datos dinámicos?

Si, se van actualizando todo el tiempo con nuevos genomas de nuevos patógenos y se vinculan uno con otros, ahí está la clave. Además, como es una base de  datos comparativa, tenemos ahí el genoma humano y podemos hacer consultas de cuáles son los blancos de nuestros genoma que no están en el patógeno o viceversa. Por un sesgo histórico, este proyecto inició junto al centro de la Organización Mundial de la Salud un proyecto para enfermedades desatendidas u olvidadas y esos no incluían virus. Nuestro foco siempre fueron bacterias o patógenos más complejos.

“Cada vez estamos pudiendo secuenciar genomas a un costo y a una velocidad cada vez menor. Empezó con el genoma humano y explotó en toda la biología. Con el Covid, estamos pudiendo secuenciar prácticamente durante la pandemia genomas virales en todo el planeta e identificar variantes”.

¿Qué es la revolución genómica?

Es que cada vez estamos pudiendo secuenciar genomas a un costo y a una velocidad cada vez menor, eso empezó con el genoma humano y explotó en toda la biología, ahora como se está viendo en el virus Sarscov2 que produce el Covid19, estamos pudiendo secuenciar prácticamente durante la pandemia genomas virales en todo el planeta e identificar variantes. Esa revolución empezó hace muchos años, desde aproximadamente el año 2000 que empezaron a aparecer los genomas de estos patógenos que causan este tipo de enfermedades como Chagas, malaria… ya con eso tenemos las primeras herramientas para poder empezar a hacer esta tipo de análisis sobre estos genomas.

¿Hay algún otro estudio en lo que están trabajando que puedan contar?

Es un ejercicio totalmente computacional y luego tratamos de bajarlo al laboratorio, desde el punto de vista informático es mucho más fácil trabajar con muchos patógenos. Una vez que uno programa un software para un patógeno, correr el patógeno siguiente sale casi gratis, básicamente es el mismo código pero cuando uno vuelca esto al laboratorio hay que pasar a trabajar lo que se llama en la jerga nuestra “la mesada” porque ahí es mucho más costoso y laborioso. Entonces en este caso nos enfocamos en el parásito que causa Chagas y ahí sí nos enfocamos en el parásito que causa el Chagas y estamos testeando algunos blancos y compuestos químicos, que es la otra parte de la base de datos que no mencioné, que es un esfuerzo de integrar millones de compuestos químicos con sus fórmulas y sus estructuras moleculares para poder hacer nuestros trabajos y ver cuáles son los mejores blancos a testear para hacer nuestro trabajo.